Guerras con el Imperio otomano

Batalla de Lepanto (1571).

Turquía, que ya había sido contrincante de Carlos I de España, se vuelve a enfrentar al Imperio español. Inicia el Sitio de Malta, en 1565, que será fallido y además es considerado como uno de los asedios más importantes de la historia militar y desde el punto de vista de los defensores, el más exitoso. Sin embargo, anteriormente, en 1560, la flota turca; que era una potencia de primer orden, había derrotado a los cristianos en la Batalla de Los Gelves.
En 1570, después de unos años de tranquilidad, los turcos inician una expansión atacando varios puertos venecianos del Mediterráneo Oriental, conquistaron Chipre a Venecia¹⁸ con 300 naves y ponen sitio a Nicosia.
Venecia pide ayuda a las potencias cristianas, pero sólo el papa Pío V les responde. El Papa consigue convencer al rey de España para que también ayude, y se forma una armada para enfrentarse a los turcos. Esta armada se reúne en el puerto de Suda, en la isla de Candia (Creta).
Turquía, que ya había sido contrincante de Carlos I de España, se vuelve a enfrentar al Imperio español. Por si fuera poco, los barcos turcos y los piratas berberiscos atacaban a los barcos en todo el Mediterráneo y saqueaban las costas de los países cristianos.

La batalla de Lepanto por Paolo Veronese.

Finalmente, se forma una coalición de reinos, conocida como Liga Santa, que se enfrenta a una flota turca en el golfo de Lepanto, el 7 de octubre de 1571, contra una flota turca, librándose la Batalla de Lepanto («la más alta ocasión que vieron los siglos»,¹⁹ ) que acaba en una gran victoria de los aliados católicos.
Así la describe el Marqués de Lozoya:

Durante dos horas se peleó con ardor por ambas partes, y por dos veces fueron rechazados los españoles del puente de la galera real turca; pero en un tercera embestida aniquilaron a los jenízaros que la defendían y, herido el almirante de un arcabuzazo, un remero cristiano le cortó la cabeza. Al izarse un pabellón cristiano en la galera turca arreciaron el ataque las naves cristianas contra las capitanas turcas que no se rendían; pero al fin la flota central turca fue aniquilada.

Después de este combate, los turcos rehicieron la flota de nuevo; la flota turca, otra vez aliada con los piratas berberiscos, seguía siendo la más potente del Mediterráneo.²⁰
Durante casi dos años la flota otomana evitó el combate, y no fue hasta después de la toma de Túnez y La Goleta por Don Juan de Austria, en 1573, cundo Selim II envió una fuerza 250 y 300 naves de guerra y un contingente de unos 100.000 hombres para reconquistar ambas plazas, labor en la perecieron cerca de 30.000 hombres, aunque con resultado satisfactorio. Fue la última gran batalla en el Mediterráneo.
Sin embargo, lo que no había resuelto las batallas y los combates, lo resolvió la diplomacia y las negociaciones internacionales, para beneficio de ambos imperios. Felipe II veía como se agravaba la guerra en Flandes, y Selim II, sucesor de Solimán el Magnífico, tenía que hacer frente a la guerra con Persia. Ambos se encontraban librando campañas militares en otras fronteras, y ninguno se sentía con la fuerza suficiente para continuar el conflicto. Convencidos de la distinta situación que ambos imperios vivían, decidieron firmar una serie de treguas que terminaron por alejar definitivamente la guerra en el Mediterráneo durante unos cuantos años.²¹